महाकाली सिंचाइ आयोजना, तेस्रो चरण सन् १९९६ को एकिकृत महाकाली नदी शारदा ब्यारेज, टनकपुर ब्यारेज तथा पञ्चेश्वर आयोजना सम्बन्धी सन्धी अनुसार शुरु भएको आयोजना हो । सो सन्धी अनुसार भारतको टनकपुर ब्यारेजबाट नेपालले वर्षायाममा २८.३५ घनमिटर प्रतिसकेण्ड (१००० क्युसेक) तथा हिउँदमा ८.५ घनमिटर प्रतिसकेण्ड (३०० क्युसेक) तथा दोधरा-चाँदनी क्षेत्रमा १० घनमिटर प्रतिसकेण्ड (३५० क्युसेक) सिचाइको लागि पानी प्राप्त गर्ने प्रावधान छ । यसै गरी हाल संचालनमा रहेको बनबासा ब्यारेज बन्द भयो भने सोबाट नेपाललाइ प्राप्त भइरहेको पानी पनि टनकपुर ब्यारेजबाटै प्राप्त हुने प्रावधान छ । सोही प्रावधान अनुसार आ.ब. २०६३/०६४ देखि शुरु भएको यस आयोजनाको टनकपुर मूलनहर भारतको टनकपुर ब्यारेजको पुर्वपट्टीबाट निस्केर कंचनपुर जिल्लाको त्रिभुवनवस्ती क्षेत्र तथा कैलाली जिल्लाको मालाखेती गा.बि.स. सम्म पुग्ने प्रस्ताव गरिएको छ । उक्त ब्यारेजबाट नेपालको सिमाना ब्रम्हदेवसम्मको करिब १२०० मीटर मूलनहर भारतले निर्माण गर्ने प्रस्ताव छ भने त्यसपछीको सम्पूर्ण सिचाइ प्रणाली नेपालले निर्माण गर्नेछ।